Die Welttierschutzstiftung legt großen Wert auf die Qualität ihrer Programme und Projekte. Dafür lässt sie kontinuierlich die von ihr initiierten und geförderten Projekte überprüfen und evaluieren und verbessert gegebenenfalls die Wirksamkeit der Projekte. Zu diesem Zweck gibt es seit 2017 eine von der Welttierschutzgesellschaft finanzierte Stelle für Monitoring & Evaluation. Die Ergebnisse der Evaluationen werden regelmäßig an Projekte und Partner*innen kommuniziert.

Die apatro Steuerberatungsgesellschaft, Berlin, beurteilt die Buchführung und die satzungsgemäße Mittelverwendung als ordnungsgemäß und erstellt auf dieser Grundlage den Jahresabschluss.